24 października 1623 r. Wojciech Niemira (zm. przed 2 lutego 1625), kasztelan (1613-1617) i wojewoda podlaski (1617-1625), ofiarował plac pod budowę kościoła i klasztoru w Drohiczynie oraz dwór i trzy włoki ziemi w Sytkach. Celem fundacji było stworzenie możliwości edukacji dziewcząt z możniejszych rodów szlacheckich na Podlasiu. Wojciech Niemira własnym kosztem wzniósł drewniany klasztor i kościół pw. Wszystkich Świętych. Ważną rolę w sprowadzeniu sióstr odegrał o. Anioł Bidsiński, gwardian drohiczyński ojców franciszkanów (1622-1626). Fundusz Niemiry został powiększony dobrami ziemskimi, które odziedziczyła Zofia Kiszczanka (ok. 1600-1659), córka Mikołaja Kiszki (ok. 1565-1620), starosty drohickiego (1588-1620). 1 listopada 1623 r. przybyła ona do Drohiczyna z klasztoru toruńskiego wraz z jedenastoma zakonnicami. Na pamiątkę dnia jej przybycia kościół otrzymał tytuł Wszystkich Świętych. Zofia Kiszczanka w 1630 r. została pierwszą ksienią nowego klasztoru, którego kolatorami byli królowie: Zygmunt III Waza (1587-1632) i Jan II Kazimierz Waza (1648-1668), szlachta: Krzysztof Grek z Repek, Paweł Wąż, Wiktoryn (1668-1737) i Marcin (1663-1751) Kuczyńscy z Korczewa, Stanisław Niemira (zm. 1648), wojewoda podlaski (1617-1625), Stefan Ossoliński (zm. ok. 1737), chorąży mielnicki (1713-1729) oraz mieszczanie: Szymon Dalnopolc, Maciej Rolka, Grzegorz i Marianna Chatysiakowie, Andrzej Jankowski, Tomasz i Agnieszka Szaszkiewiczowie, Marcin Gołocki i inni.
Kościół i klasztor Benedyktynek, począwszy od niedzieli Misericordiae (II Wielkanocna) 1657 r. zostały doszczętnie zniszczone w czasie najazdu wojsk szwedzkich i Jerzego II Rakoczego (1621-1660) księcia siedmiogrodzkiego (1648-1658). Jednak dzięki pomocy króla Jana II Kazimierza Wazy (1648-1668) oraz wysiłkiem rodziny Niemirów, już w 1659 r. udało się odbudować klasztor. Zamiast kościoła zakonnicom służyła już tylko kaplica. W klasztorze benedyktynki prowadziły resocjalizację kobiet moralnie upadłych, kształciły dziewczęta, otaczały opieką ubogich i chorych. W 1667 r. prowadziły przytułek-szpital. W latach epidemii, która pustoszyła Podlasie w 1709 i 1714 r., w budynku klasztornym znajdował się szpital dla dotkniętych zarazą. Cztery siostry przypłaciły to życiem.
W 1734 r. rozpoczęto budowę nowego, murowanego kościoła i budynków klasztornych, która została zakończona w 1738 r. Kamień węgielny poświęcił ks. Józef Olszański (zm. ok. 1738), biskup tytularny Serra (25 czerwca 1727), sufragan diecezji chełmskiej obrządku łacińskiego (1728-1736). Fundatorami klasztoru i kościoła byli dwaj bracia Kuczyńscy: Wiktoryn (1668-1737) - kasztelan podlaski (1730-1738) i Marcin (1663-1751) - chorąży bielski (1727-1746). Architektem kościoła był przypuszczalnie Jakub Fontana (1696-1765), a budowniczym Jan Krzysztof Adrian Kluk, z udziałem miejscowego murarza Ambrożewskiego. Konsekracji świątyni 21 września 1744 r. dokonał ks. Franciszek Antoni Kobielski (1679-1755), biskup łucki (1739-1755).
Po III rozbiorze (1795) benedyktynki znalazły się w trudnej sytuacji. Dobra ziemskie położone za Bugiem zajęli Austriacy, a folwark i ziemię - Prusacy. W roku 1854 rząd carski nakazał zamknięcie kościoła Benedyktynek za patriotyczną postawę zakonnic. Te wydarzenia przyspieszyły śmierć ostatniej ksieni konwentu drohiczyńskiego - s. Ludwiki Roszkowskiej (zm. 19 marca 1854). Na mocy ukazu z 25 czerwca 1856 r. zamknięto klasztor, a zakonnice wywieziono do Wilna (klasztor Sióstr Benedyktynek św. Katarzyny). Jednak już w następnym roku spotykamy ponownie w Drohiczynie cztery benedyktynki, a także cztery siostry szarytki z Ciechanowca. W czasie powstania styczniowego przechowywały one powstańców i prowadziły polską szkołę. W ramach represji siostry szarytki zostały ukarane wysokimi karami pieniężnymi i 10 czerwca 1864 r. wydalone z Drohiczyna do Królestwa Polskiego, siostry benedyktynki zaś osadzono najpierw w więzieniu w Bielsku Podlaskim, a następnie pod eskortą przewieziono do Grodna. Kościół i klasztor zamknięto 2 września 1864 r. z rozkazu (nr 8965) Mikołaja Murawjewa „Wieszatiela” (1796-1866), gubernatora grodzieńskiego, wileńskiego i 6 guberni litewsko-białoruskich (1863-1865), a następnie oddano mniszkom prawosławnym, urządzając w zakrystii małą cerkiew pw. św. Agapita. Po ich wyjeździe w 1885 r. pomieszczenia klasztorne zamieniono na koszary wojskowe. Z czasem władze carskie nakazały je rozebrać, a cegłę przeznaczyć na budynki cerkiewne.
W 1918 r. rewindykowano jego ruiny i rozpoczęto odbudowę, przywracając do kultu jako kościół szkolny. W 1929 r., dzięki inicjatywie ks. Kazimierza Dobrzyckiego (1900-1976), prefekta Niższego Seminarium w Drohiczynie (1929-1930), rozpoczęto starania nad zabezpieczeniem świątyni i przywróceniem do stanu używalności. Od 1930 r. służył on młodzieży gimnazjalnej jako kościół szkolny. W latach 1939-1941 sowieci zamienili świątynię na szalet, służący żołnierzom strzegącym granicy na Bugu. W okresie okupacji niemieckiej (1941-1944) kościół benedyktynek funkcjonował jako jedyny w Drohiczynie, ponieważ parafialny był zniszczony.
Po wielu latach tułaczki 8 listopada 1957 r. wróciły do Drohiczyna siostry benedyktynki - wypędzone z Nieświeża. Z wielkim zapałem przystąpiły one do restauracji kościoła pw. Wszystkich Świętych i odbudowy swego klasztoru (1958-1960) na zarysie dawnych fundamentów, pod kierownictwem s. Benedykty Stalińskiej (1913-1993), przeoryszy sióstr benedyktynek (1958-1993). Projekt wykonali: inż. Hanna Kosmólska i Jerzy Brabander, pod kierunkiem arch. Józefa Winiarskiego.

Porządek Mszy św.:
- niedziele i święta: 8.00
- święta nie będące dniami wolnymi od pracy: 8.00

Odpusty:
- kościół Panien Benedyktynek: Wszystkich Świętych - 1 listopada; św. Benedykta - 11 lipca

Bibliografia: E. Borowski, Działalność Panien Benedyktynek w Drohiczynie nad Bugiem, Studia Teologiczne. Białystok. Drohiczyn. Łomża 7 (1989) 83-135. A. Czarnecka, Kościół pod wezwaniem Wszystkich Świętych SS. Benedyktynek w Drohiczynie nad Bugiem, Warszawa 1982 (mps); M. Kałamajska-Saeed (red.), Województwo Białostockie. Siemiatycze. Drohiczyn i okolice (Katalog Zabytków w Polsce, t. XII z. 1), Warszawa 1996; J. Maroszek, Klasztory Podlasia. Źródła kultury i świadomości narodowej, Drohiczyn. Siemiatycze 1995; tenże, Kościół Wszystkich Świętych i klasztor benedyktynek, w: Jan Paweł II na Podlasiu. Drohiczyn 10 czerwca 1999, Drohiczyn 2000, 186-188.