Przez synod rozumie się zgromadzenie biskupów, duchowieństwa i przedstawicieli ludzi świeckich zwoływane przez papieża, biskupów metropolitów lub biskupów diecezjalnych dla podjęcia decyzji w sprawach dotyczących sposobów umacniania wiary, pogłębiania dyscypliny kościelnej i rozważania problemów związanych z działalnością Kościoła w świecie. Jest to kolegialny organ władzy kościelnej. Instytucja synodów jest wspólna dla Kościoła rzymskokatolickiego i Kościołów wschodnich. Dla Kościoła unickiego w Polsce najważniejszy był prowincjonalny Synod Zamojski z 1720 r., który wytyczył sposób działania na wiele lat i stał się wzorem dla synodów diecezjalnych. Niektóre sformułowania są aktualne jeszcze dziś, a w przeszłości dobrze kształtowały postawy wiernych i życie Kościoła na naszych terenach. Znaczenie synodów doceniał unicki biskup chełmski Porfiriusz Skarbek-Ważyński, gorliwy duszpasterz i polski patriota. Rządził diecezją chełmską w trudnych czasach, gdy Rzeczpospolita traciła swoje terytoria i wolność, a obce wojska niszczyły, co się dało. W tej skomplikowanej sytuacji zwoływanie każdego roku synodu było konieczne, ale jednocześnie trudne do wykonania. Na synody zjeżdżali się wszyscy duchowni uniccy do Chełma lub do Pokrówki, wioski biskupiej położonej niedaleko miasta, w której biskupi często rezydowali. Podróż z krańców diecezji bryczką lub konno w niespokojnych czasach nie należała do łatwych, ponieważ na wiele dni trzeba było pozostawić parafię, dom oraz gospodarstwo rolne z dobytkiem.
Pierwszy synod biskupa Ważyńskiego został zwołany w maju 1791 r., jest to rok uchwalenia Konstytucji 3 maja, której biskup był zwolennikiem i czynnie ją popierał. Zwołano 12 synodów, nie odbył się tylko w roku 1795, w dokumentach zapisano: „Rok 1795 vacat, dla zamieszania w kraju”. Ostatni synod zwołano w 1803 r., tuż przed śmiercią biskupa.
Wszystkie sesje synodalne rozpoczynały się od specjalnego nabożeństwa pod przewodnictwem pasterza diecezji, następnie składano wyznanie wiary, rozdzielano funkcje i omawiano problemy zwołanego synodu. Na początku zajmowano się sprawami liturgicznymi. Chodziło o jednolitość w odprawianiu nabożeństw, o jednakowe księgi liturgiczne, zgodność z tradycją wschodnią i uchwałami poprzednich synodów. Na sesji synodalnej jeden z wyznaczonych kapłanów odprawiał tzw. suchą Mszę św., czyli czytał wszystkie modlitwy mszalne, tak jak podczas normalnej celebracji, opuszczając tylko słowa przeistoczenia i Komunię św. Wszyscy zebrani pilnie notowali swoje uwagi, a następnie brali udział w dyskusji. W ten sposób wyłapywano jakieś niepotrzebne praktyki, dodatki lub zapożyczenia z prawosławia moskiewskiego albo z liturgii rzymskiej. Dbano także o czystość wiary katolickiej oraz jedność tekstów liturgicznych i obrzędów. Postanowienia synodów mają na celu wykorzenienie wszelkich zabobonów i praktyk zabobonnych sprzecznych z wiarą w Boga.
W Kościele prawosławnym, a także w unickim obchodzono bardzo wiele świąt. Unicki Synod Zamojski zredukował niektóre z nich, ale i tak pozostało bardzo dużo. Duża liczba świąt utrudniała prace w polu w okresach wiosennych, jesiennych i podczas żniw, dlatego niektóre mniej ważne przestały być świętami nakazanymi. Ze świętami w Kościołach wschodnich łączą się długie posty, w praktyce każde ważniejsze święto było poprzedzone kilkudniowym albo kilkutygodniowym postem. Poszczono też w środy i piątki całego roku. Wprawdzie idea postu została zachowana, ale biskup lub miejscowy proboszcz mógł udzielać dyspensy. Nakazano też poświęcenie dużej ilości wody święconej, aby była do dyspozycji w każdej świątyni, a szczególnie w kropielnicy przy wejściu. Ułatwiono także udzielanie sakramentu namaszczenia chorych. Dotychczas olej używany do namaszczenia chorych należało poświęcać przy każdym przypadku udzielania tego sakramentu, a do poświęcenia wymagano obecności siedmiu kapłanów. W praktyce bardzo to utrudniało udzielenie sakramentu namaszczenia, dlatego synod postanowił, że olej będzie dalej święcony przez siedmiu kapłanów, ale należy poświęcić taką ilość, aby go wystarczyło na długi czas i wtedy każdy kapłan z poświęconym olejem samodzielnie może udać się do chorego z posługą. Postanowiono też, że 3 maja, dzień ustanowienia Konstytucji, będzie połączony ze świętem kościelnym. Aby temu świętu nadać większą rangę liturgiczną, na ten dzień przeniesiono uroczystość św. Jerzego, podobnie jak Kościół rzymski przeniósł na 3 maja uroczystość św. Stanisława. Poświęcono też wiele uwagi sprawie należytego wykształcenia kapłanów, dlatego na każdym zgromadzeniu wybierano specjalnych egzaminatorów, którzy sprawdzali stan wiedzy w zakresie wiary i moralności, szczególnie młodych księży i kandydatów na wakujące probostwa. Zalecono, aby kandydaci do kapłaństwa, w praktyce synowie duchownych, uczęszczali do szkół łacińskich, a następnie do istniejących w tym czasie seminariów duchownych. Zakazano wikariuszom samowolnego opuszczania miejsca pracy. Proboszczowie zostali zobowiązani do sprowadzenia specjalnych książek i nauczania dzieci. Powołano do życia Bractwo Nauki Chrześcijańskiej św. Mikołaja, ułożono dla niego statut.
Zadbano o czystość i porządek w świątyniach. Zabroniono odprawiania Mszy św. w walącej się świątyni, cerkwie bardzo zniszczone nakazano rozebrać. Wiernym nakazano przynajmniej cztery razy do roku spowiadać się i przystępować do Komunii św. Zdarzało się, że podczas walk, jakie w tym czasie miały miejsce, obce wojska zajmowały świątynie i cmentarze należące do unitów, czasem kapelani pruscy albo rosyjscy odprawiali i chowali swoich zmarłych. Korzystanie ze świątyń i cmentarzy przez innowierców uważano za ich zbezczeszczenie, dlatego nakazano, aby je powtórnie poświęcić i przywrócić do kultu katolickiego w obrządku wschodnim. Kapłani i wierni powinni dbać o nawrócenie ludzi z innej wiary, ale jeśli taki fakt nastąpił, dotyczyło to najczęściej żydów, należy o tym powiadomić biskupa i otrzymać od niego pozwolenie na chrzest.
Objęto także troską wdowy i dzieci po zmarłych kapłanach. Nowy proboszcz powinien pozwolić im korzystać przez rok z gruntów i zasiewów i wypłacać dziesiątą część z innych dochodów. Za kapłanów zmarłych należy zaraz po otrzymaniu wiadomości o śmierci odprawić jedną Mszę św. Wielokrotnie zakazywano przechodzenia z jednego obrządku na drugi. Unici ulegali wpływowi łacinników i kultury polskiej, a także lękali się losu współbraci pod władaniem rosyjskim, dlatego przechodzili na obrządek łaciński. Niektóre parafie unickie, jak Łęczna czy Puchaczów, z tego powodu przestały istnieć.
W związku ze zmianą granic diecezji w roku 1794 utworzono nową sieć dekanatów, a mianowicie: dekanat chełmski, lubelski, siedliski, krasnostawski, dubieniecki, opaliński, maciejowski, lubomlski, przewalski i rateński. W roku 1799 pod panowaniem Austrii znowu nieco zmieniono mapę dekanatów.
Oprócz spraw liturgicznych i dotyczących kultu omawiano także sprawy polityczne, majątkowe i karne. Wiele razy ojcowie synodu skarżyli się na ubóstwo swoich parafii i całej diecezji, na rabunek przez Rosjan w dobrach biskupich, a także na fiskalny ucisk austriackiej władzy. Ojcowie synodu bronili swoich współbraci unitów pod panowaniem moskiewskim, którzy byli prześladowani i wcielani do Cerkwi prawosławnej. Mimo to nakazywali szacunek władzy świeckiej i modlitwę liturgiczną za te władze. Diecezja chełmska znalazła się pod berłem austriackim, biskup Ważyński, nie mając innego wyjścia, zgodził się z takim stanem rzeczy, zapewniając tym samym Kościołowi unickiemu opiekę prawną i zrównanie w przywilejach z Kościołem rzymskim.