Mszy żałobnej w dniu 2 października przewodniczył bp Wojciech Skibicki, bp. pomocniczy diecezji elbląskiej. W wygłoszonym kazaniu przypomniał o gorliwości duszpasterskiej zmarłego bp. Styrny, która nawet po odejściu na emeryturę objawiała się poprzez systematyczne wielogodzinne słuchanie spowiedzi w elbląskiej katedrze. – Konfesjonał był dla bp. Jana pierwszym miejscem jego ewangelizacji – mówił bp Skibicki. W koncelebrze uczestniczyło ponad 50 księży, w tym m.in. ks. kan. prof. Marek Żmudziński (dziekan Wydziału Teologii UWM w Olsztynie), a także Kapituła Katedralna Elbląska.

Mszy pogrzebowej w dniu 3 października przewodniczył kard. Kazimierz Nycz, metropolita warszawski. Obecnych było 16 biskupów: abp Józef Górzyński (Olsztyn), abp Stanisław Budzik (Lublin), abp Tadeusz Wojda (Gdańsk), bp Andrzej Jeż (Tarnów), bp Leszek Leszkiewicz i bp Stanisław Salaterski (Tarnów), bp Wiesław Lechowicz (Ordynariat Polowy), bp Jan Piotrowski (Kielce), bp Jerzy Mazur (Ełk), bp Janusz Ostrowski i bp Julian Wojtkowski (Olsztyn), bp Arkadiusz Okroj (Pelplin), a także księża biskupi z Elbląga: Józef Wysocki, Wojciech Skibicki oraz Jacek Jezierski, który wygłosił kazanie. W koncelebrze uczestniczyło około 150 księży z diecezji: elbląskiej, tarnowskiej i rzeszowskiej. Obecny był ks. prał. Władysław Pasiuk, proboszcz i kustosz sanktuarium św. Stanisława w Szczepanowie, z którego wywodził się zmarły bp Styrna. Elbląską wspólnotę Kościoła greckokatolickiego reprezentował ks. mitrat Andrzej Soroka.

Przed Mszą ks. prał. Zbigniew Kras – reprezentujący Prezydenta RP – przekazał rodzinie zmarłego przyznany mu pośmiertnie Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski.

W wygłoszonym kazaniu bp Jezierski przypomniał zgromadzonym sylwetkę i bieg życia śp. bp. Styrny. Zauważył, że biskupi są następcami apostołów i wykonują swoją misję w sposób określony przez tradycję i prawo Kościoła. W tej perspektywie należy widzieć życie i działalność bp. Jana Styrny, który zarządzał diecezją elbląską w latach 2003-2014. - Zmarły pozostawił nam wzór swojej wiary i pobożności. Były one bez egzaltacji. Wierzył tak, jak wierzy Kościół. Modlił się odmawiając Liturgię Godzin. Dopiero na dwa miesiące przed śmiercią nie potrafił już czytać księgi psalmów. Modlił się też odmawiając różaniec. Czynił to często w czasie wędrówek i spacerów wokół Elbląga, przez Wysoczyznę Elbląską, po Mierzei Wiślanej, czy wokół Jeziora Drużno – podkreślił bp Jezierski.

Na zakończenie Mszy ks. kan. Zbigniew Kulesz odczytał list sekretarza Stanu Stolicy Apostolskiej kard. Pietro Parolina, zawierający kondolencje Ojca Świętego Franciszka. Po nim zmarłego pożegnali: abp Józef Górzyński (metropolita warmiński), Gustaw Marek Brzezin (marszałek województwa warmińsko-mazurskiego), Piotr Opaczewski (wicewojewoda warmińsko-mazurski), Witold Wróblewski (prezydent Elbląga), Mirosław Wendrychowicz (burmistrz Biecza).

W pogrzebie uczestniczyli także m.in. Leonard Krasulski (poseł na Sejm RP), gen. Zenon Brzuszko (dowódca Wielonarodowej Dywizji Północny Wschód), prof. Jarosław Niedojadło (rektor Akademii Nauk Stosowanych w Elblągu), Grzegorz Adamowicz (przewodniczący Regionu Elbląskiego NSZZ Solidarność), a także przedstawiciele służb mundurowych: Straży Granicznej, Żandarmerii Wojskowej, Straży Pożarnej, Straży Miejskiej oraz Policji wraz z komendantem miejskim w Elblągu insp. Robertem Muraszko. Poczty sztandarowe zostały wystawione przez szkoły katolickie oraz organizacje kombatanckie. Obecne były też osoby życia konsekrowanego, w tym: przełożona Prowincji Tarnowskiej Sióstr Józefitek Antonia Piekarz oraz asystent Przełożonego Polskiej Prowincji Zakonu Pijarów o. Łukasz Adamusiak. Oba instytuty zostały sprowadzone do Elbląga przez śp. bp Styrnę w czasie gdy zarządzał diecezją elbląską.

Podczas Mszy pogrzebowej wystąpił chór oraz zespół instrumentalny Capella Sancti Nicolai pod dyrekcją ks. dr. Piotra Towarka. Wykonano m.in. utwory: Sarabanda z Partity nr 2 d-moll J.S. Bacha (skrzypce - Małgorzata Wójcik), Preludium z Suity wiolonczelowej d-moll J.S. Bacha (wiolonczela - Jakub Grzelachowski), Adagio g-moll T. Albinoniego, a także części stałe z Missa Veni Sancte Spiritus (mszy napisanej na zakończenie I. synodu diecezji elbląskiej, muz. P. Bębenek). Na organach zagrał Janusz Borowski, organista katedry elbląskiej.

Ciało zmarłego bp. Jana Styrny zostało złożone w krypcie biskupów w katedrze św. Mikołaja w Elblągu, tuż obok miejsca wiecznego spoczynku śp. bp. Andrzeja Śliwińskiego, pierwszego biskupa elbląskiego.