Mszy św. o błogosławieństwo w nowym roku studiów przewodniczył Prymas Polski kard. Józef Glemp. Homilię wygłosił sekretarz generalny Konferencji Episkopatu Polski - bp Piotr Libera. Zachęcał w niej słuchaczy nie tylko do studiowania, ale i kontemplowania Pisma Świętego, by Słowo Boże odciskało swój ślad w człowieku. Apelował, aby przyszli kaznodzieje przygotowali się w seminarium nie tylko do komentowania Biblii, ale o wiele bardziej do świadczenia, jak Słowo Boże działa w człowieku.
Wykład inauguracyjny na temat Uniwersytet współczesny - wewnętrzny świat wartości a wezwania świata zewnętrznego wygłosił prof. dr hab. Jerzy Woźnicki z Politechniki Warszawskiej. Zwrócił on uwagę, że uczelnia jest zarówno placówką badawczą, jak i specyficznym przedsiębiorstwem, które musi się liczyć z ekonomią. Drugi aspekt, który poruszał wykładowca, to autonomia uczelni i poszczególnych badaczy. Odwołując się do słów Jana Pawła II, wypowiedzianych do rektorów polskich uczelni w Castel Gandolfo, stwierdził, że naukowiec musi liczyć się w swoich badaniach z prawem moralnym.
Nowy rok studiów w Wyższym Metropolitalnym Seminarium Duchownym rozpoczęło 30 września ponad 150 alumnów przygotowujących się do pracy duszpasterskiej w archidiecezji warszawskiej i w diecezji polowej oraz prawie setka dochodzących na wykłady z seminarium neokatechumenalnego "Redemptoris Mater", a także bazylianów, józefitów, kamilianów i barnabitów. Do nich wszystkich apelował ks. prof. Pawlina: - Świat zdaje się dryfować w nieznanym kierunku. I nie da się przewidzieć przyszłości, bo człowiek jest nieobliczalny. Ludzie będą dążyli ku dobru, jeśli będą wiedzieli, że są kochani. Dlatego ważną rolę odgrywają kapłani, których Jan Paweł II prosił podczas tegorocznej pielgrzymki: "Pomóżcie człowiekowi zaufać miłosiernej miłości Boga".
W uroczystej inauguracji roku akademickiego w seminarium warszawskim wzięło udział wielu rektorów i profesorów stołecznych uczelni, warszawscy biskupi pomocniczy Marian Duś i Piotr Jarecki, przełożeni zakonów współpracujących z seminarium, kilkudziesięciu wykładowców tej uczelni i witany z podkreśleniem, że chodzi o redaktora największego tygodnika katolickiego w Polsce, ks. inf. Ireneusz Skubiś. Wyrazem uznania środowiska naukowego Warszawy dla seminarium duchownego i dla osoby jego rektora jest zaproszenie ks. prof. Krzysztofa Pawliny do Konferencji Rektorów Wyższych Uczelni Warszawskich, jako jedynego przedstawiciela uczelni niepaństwowych.